مدیریت مجزا بر منابع آب تاکنون خساراتی را پیکره های آبی اعم از سطحی و زیرزمینی وارد نموده است. لذا امروزه مدیریت جامع و یکپارچه آب به ویژه در مناطقی که با محدودیت نسبی منابع آب روبرو هستند به عنوان ضرورتی اجتناب ناپذیر پذیرفته شده است. مفاهیم و اصول اولیه این نگرش جدید به منابع آب در حال تدوین است و به ویژه مدلسازی رفتار تلفیقی کمی - کیفی آبهای سطحی و زیر زمینی در این میان از اهمیت ویژه ای برخوردار است. در این مقاله ابتدا به لزوم نگرش مدیریت یکپارچه بر منابع آب به ویژه در مقیاسهای بزرگ نظیر حوضه های آبریز پرداخته و سپس ضمن بیان محدودیت ها و مزایای مدل شبیه سازی رفتاری این سیستم پیچیده به کاربردی از آن در حوضه آبریز زاینه رود پرداخته شده است. حوضه آبریز زاینده بود به دلیل تبادلات کمی و کیفی رودخانه زاینده رود با آبخوانهای زیرین آن و نیز وسعت حوضه آبریز و همچنین انواع مصارف و آبهای برگشتی به رودخانه و آبخوانهای آن از پیچیدگی های خاصی برخوردار است که سعی گردیده نتایج اجرای آن در زیر حوضه لنجانات در این مقاله ارایه گردد. مدل شبیه سازی یکپارچه منابع آب برای یک سال آبی (80-1379) کالیبره و برای دو سال بعد (82-1380) با دوره های زمانی یک ماه اجرا گردیده است. نتایج برای خطوط همتراز آب زیر زمینی به عنوان عامل کمی و نیز خطوط هم هدایت الکتریکی به عنوان عامل کیفی ارایه شده است.